Ve Filosofickém ústavu se nacházejí další specializované knihovní fondy v celkovém rozsahu více než 80 000 svazků knih, časopisů a jiných knihovních dokumentů.
Knihovna Kabinetu pro klasická studia
Knihovna komeniologických studií
Knihovna Centra medievistických studií
Knihovna Centra pro teoretická studia
Archiv Jana Patočky (v rámci CTS)